Werner Müller ist der Name folgender Personen:

• Werner Müller (Politiker, 1900) (1900–1955), deutscher Jurist und Politiker
• Werner Müller (Landrat) (1900–1982), deutscher Maschineningenieur, Manager und Landrat
• Werner Müller (Sportfunktionär, 1906) (1906–1996), deutscher Manager und Sportfunktionär
• Werner Müller (Ethnologe) (1907–1990), deutscher Ethnologe
• Werner Müller (Politiker, 1910) (1910–1996), deutscher Politiker (CSU)
• Werner Müller (Komponist) (1920–1998), deutscher Komponist, Dirigent und Arrangeur
• Werner Müller (Philosoph) (1922–2006), deutscher Philosoph und Hochschullehrer
• Werner Müller (Kanute) (1922–2006), Schweizer Kanute
• Werner Müller (Chemiker) (1923–2005), deutscher Chemiker und Kunsthistoriker
• Werner Müller (Holzbildhauer) (1923–2006), deutscher Holzbildhauer und Zeichner
• Werner Müller (Heimatforscher) (1924–1999), deutscher Heimatforscher
• Werner Müller (Architekt) (1924–2005), Schweizer Architekt
• Werner Müller (Archäologe) (* 1925), deutscher Archäologe
• Werner Müller (Fußballspieler, Februar 1926) (1926–2012), deutscher Fußballspieler
• Werner Müller (Fußballspieler, Juni 1926) (* 1926), deutscher Fußballspieler
• Werner Müller (Politiker, 1927) (1927–1983), deutscher Politiker (DBD)
• Werner Müller (Parteifunktionär) (1928–1996), deutscher Funktionär der SED
• Werner Müller (Maler) (* 1931), deutscher Maler
• Werner Müller (Mediziner) (* 1933), Schweizer Mediziner und Hochschullehrer
• Werner Müller (Fußballspieler, 1934) (* 1934), deutscher Fußballspieler
• Werner Müller (Fußballspieler, 1937) (* 1937), deutscher Fußballspieler
• Werner Müller (Schauspieler), deutscher Schauspieler
• Werner Müller (Ministerialbeamter) (* 1943), deutscher Verwaltungsjurist und Ministerialbeamter
• Werner Müller (Regisseur) (* 1943), deutscher Pantomime, Regisseur und Lehrer
• Werner Müller (Politiker, 1946) (1946–2019), deutscher Manager und Politiker
• Werner Müller (Historiker) (* 1946), deutscher Historiker und Hochschullehrer
• Werner Müller (Mathematiker) (* 1949), deutscher Mathematiker und Hochschullehrer
• Werner Müller (Sportfunktionär, 1952) (* 1952), Schweizer Architekt und Sportfunktionär
• Werner Müller (Biologe) (* 1956), deutscher Biologe und Hochschullehrer
• Werner Müller (Intendant) (* 1957), deutscher Theaterintendant und Regisseur
• Werner Müller (Bildhauer) (* 1958), deutscher Maler, Bildhauer und Objektkünstler
• Werner Müller (Politiker, 1959) (* 1959), Schweizer Politiker (CVP)
• Werner Müller (Wirtschaftswissenschaftler) (* 1960), deutscher Wirtschaftswissenschaftler und Hochschullehrer
• Werner Müller (Motorsportler) (* 1967), österreichischer Motorsportler
• Werner Müller-Bech (1931–2023), deutscher Pianist, Musikwissenschaftler und Hochschullehrer
• Werner Müller-Esterl (* 1948), deutscher Biochemiker und Hochschullehrer
• Werner Müller-Pelzer (* 1949), deutscher Romanist
• Werner Müller-Rilon (1913–1991), deutscher Artist, Maler und Grafiker
• Werner Müller-Warmuth (* 1929), deutscher Chemiker
• Werner A. Müller (1937–2022), deutscher Biologe, Hochschullehrer und Buchautor
• Werner E. G. Müller (* 1942), deutscher Biochemiker
• Werner Ernst Müller (1910–1987), Schweizer Maler und Restaurator
• Werner Günther Müller (* 1965), österreichischer Statistiker
• Werner J. Müller (1899–1986), Schweizer Architekt, Bildhauer und Maler
• Werner Otto Müller-Hill (1885–1977), deutscher Jurist
• Werner Y. Müller (1902–1991), Schweizer Kunsthistoriker