Die Liste der FFH-Gebiete in Unterfranken bindet folgende Listen der FFH-Gebiete in unterfränkischen Landkreisen und Städten aus dem Artikelnamensraum ein:

• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Aschaffenburg
• Liste der FFH-Gebiete in der Stadt Aschaffenburg
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Bad Kissingen
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Haßberge
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Kitzingen
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Main-Spessart
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Miltenberg
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Rhön-Grabfeld
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Schweinfurt
• Liste der FFH-Gebiete in der Stadt Schweinfurt
• Liste der FFH-Gebiete im Landkreis Würzburg
• Liste der FFH-Gebiete in der Stadt Würzburg

Die Auswahl entspricht dem Regierungsbezirk Unterfranken. Im Regierungsbezirk gibt es 99 FFH-Gebiete (Stand März 2016)

Name	Bild	Kennung	Kreis	Einzelheiten	Position	Fläche Hektar	Datum
Naturschutzgebiet 'Alzenauer Sande'		5920-301 WDPA: 555521225	Landkreis Aschaffenburg		⊙	95,00
Vorkommen von Wiesenknopf-Ameisenbläulingen im Lkr. Aschaffenburg	BW	5921-301 WDPA: 555521227	Landkreis Aschaffenburg		⊙	12,00
Wiesen und Magerrasen zwischen Hösbach und Rottenberg		5921-371 WDPA: 555521228	Landkreis Aschaffenburg		⊙	274,48
Extensivwiesen und Ameisenbläulinge in und um Aschaffenburg		6021-371 WDPA: 555521299	Landkreis Aschaffenburg, Aschaffenburg		⊙	250,82
Standortübungsplatz Aschaffenburg		6021-302 WDPA: 555521298	Aschaffenburg		⊙	86,00
Streuobstwiesen zwischen Erbig und Bischberg		6020-301 WDPA: 555521297	Aschaffenburg		⊙	177,00
Einertsberg, Schondraberg und angrenzende Wälder	BW	5824-371 WDPA: 555521160	Landkreis Bad Kissingen, Landkreis Main-Spessart		⊙	2.379,83
Lindenstumpf und Rudelberg	BW	5725-302 WDPA: 555521079	Landkreis Bad Kissingen		⊙	16,00
Mausohrkolonien in Machtilshausen und Diebach	BW	5825-301 WDPA: 555521162	Landkreis Bad Kissingen		⊙	0,00
Naturschutzgebiet 'Sodenberg-Gans'		5824-302 WDPA: 555521159	Landkreis Bad Kissingen, Landkreis Main-Spessart		⊙	493,00
Schondratalsystem	BW	5824-301 WDPA: 555521158	Landkreis Bad Kissingen, Landkreis Main-Spessart		⊙	304,00
Sippach-Tal südöstlich Sippachsmühle	BW	5824-372 WDPA: 555521161	Landkreis Bad Kissingen		⊙	1,52
Standortübungsplatz 'Brönnhof' und Umgebung	BW	5827-371 WDPA: 555521164	Landkreis Bad Kissingen, Landkreis Schweinfurt		⊙	2.333,95
Truppenübungsplatz Hammelburg	BW	5925-301 WDPA: 555537713	Landkreis Bad Kissingen, Landkreis Main-Spessart		⊙	3.591,00
Wälder und Trockengebiete östlich Hammelburg		5825-371 WDPA: 555521163	Landkreis Bad Kissingen		⊙	1.317,10
Wälder und Trockenstandorte bei Bad Kissingen und Münnerstadt		5726-371 WDPA: 555521080	Landkreis Rhön-Grabfeld, Landkreis Bad Kissingen		⊙	4.421,81
Waldwiesen und Moore im Neuwirtshauser Forst	BW	5725-301 WDPA: 555521078	Landkreis Bad Kissingen		⊙	184,00
Alsteraue von der Landesgrenze bis zur Mündung		5830-301 WDPA: 555521167	Landkreis Haßberge, Landkreis Coburg		⊙	132,00
Bundorfer Wald und Quellbäche der Baunach		5728-371 WDPA: 555521081	Landkreis Rhön-Grabfeld, Landkreis Haßberge		⊙	1.541,45
Ehemaliger Standortübungsplatz Ebern und Umgebung		5930-371 WDPA: 555521240	Landkreis Haßberge		⊙	261,52
Geißleraue und Aurachwiesen bei Ostheim		5828-371 WDPA: 555521166	Landkreis Schweinfurt, Landkreis Haßberge		⊙	159,48
Haßbergetrauf von Königsberg bis Stadtlauringen		5728-372 WDPA: 555521082	Landkreis Schweinfurt, Landkreis Haßberge		⊙	923,38
Haßbergetrauf von Zeil am Main bis Königsberg		5929-371 WDPA: 555521237	Landkreis Haßberge		⊙	2.533,66
Itztal von Coburg bis Baunach		5831-373 WDPA: 555521170	Landkreis Coburg, Landkreis Haßberge, Coburg		⊙	1.452,01
Mainaue zwischen Eltmann und Haßfurt		5929-372 WDPA: 555537715	Landkreis Haßberge		⊙	950,24
Maintalhänge zwischen Stettfeld und Zeil		6029-373 WDPA: 555521312	Landkreis Haßberge		⊙	196,91
Mausohrkolonien im Steigerwaldvorland		6028-301 WDPA: 555521308	Landkreis Kitzingen, Landkreis Haßberge		⊙	0,00
Mausohrkolonien in den Haßbergen und im Itz-Baunach-Hügelland		5929-302 WDPA: 555521236	Landkreis Haßberge, Landkreis Lichtenfels		⊙	0,00
Naturschutzgebiet 'Urlesbachtal'		5828-301 WDPA: 555521165	Landkreis Haßberge		⊙	23,00
Naturwaldreservat Stachel		5930-302 WDPA: 555521239	Landkreis Haßberge		⊙	24,00
Spitzberg und Gänsleite bei Limbach		6029-372 WDPA: 555521311	Landkreis Haßberge		⊙	104,14
Südhang des Steinert nordöstlich Jesserndorf		5930-372 WDPA: 555521241	Landkreis Haßberge		⊙	24,38
Vogelfreistätte Graureiherkolonie Dippach am Main		6030-302 WDPA: 555521313	Landkreis Haßberge		⊙	32,00
Wälder um Maroldsweisach, Königsberg u. Rentweinsdorf mit Schloss		5930-373 WDPA: 555521242	Landkreis Haßberge		⊙	1.381,24
Wässernachtal		5928-371 WDPA: 555521235	Landkreis Schweinfurt, Landkreis Haßberge		⊙	748,16
Weisach-Aue und Nebenbäche um Maroldsweisach		5830-371 WDPA: 555521168	Landkreis Haßberge		⊙	109,32
Fledermauswinterquartiere des Steigerwalds und der Frankenhöhe	BW	6427-371 WDPA: 555521537	Landkreis Ansbach, Landkreis Neustadt an der Aisch-Bad Windsheim, Landkreis Kitzingen		⊙	4,74
Flugplatz Kitzingen	BW	6227-372 WDPA: 555521414	Landkreis Kitzingen		⊙	119,71
Wälder zwischen Willanzheim, Mainbernheim und Tiefenstockheim	BW	6327-372 WDPA: 555521464	Landkreis Kitzingen		⊙	301,74
Kalktuffquellen zwischen Willanzheim und Markt Einersheim	BW	6327-302 WDPA: 555521462	Landkreis Kitzingen		⊙	25,00
Mainaue zwischen Grafenrheinfeld und Kitzingen		6127-371 WDPA: 555521371	Landkreis Würzburg, Landkreis Schweinfurt, Landkreis Kitzingen		⊙	1.380,10
Sandgebiete bei Schwarzach, Klein- und Großlangheim		6227-371 WDPA: 555521413	Landkreis Kitzingen		⊙	1.431,76
Vorderer Steigerwald mit Schwanberg		6327-371 WDPA: 555521463	Landkreis Neustadt an der Aisch-Bad Windsheim, Landkreis Kitzingen		⊙	8.350,89
Gramschatzer Wald		6025-371 WDPA: 555521305	Landkreis Würzburg, Landkreis Main-Spessart		⊙	4.241,08
Hochspessart		6022-371 WDPA: 555521300	Landkreis Aschaffenburg, Landkreis Main-Spessart, Landkreis Miltenberg		⊙	17.415,57
Lohrbach- und Aubach-Tal		5922-371 WDPA: 555521229	Landkreis Aschaffenburg, Landkreis Main-Spessart		⊙	363,78
Magerstandorte bei Marktheidenfeld und Triefenstein		6123-371 WDPA: 555521364	Landkreis Main-Spessart		⊙	168,26
Maintalhänge zwischen Bürgstadt und Wertheim		6222-371 WDPA: 555521407	Landkreis Miltenberg, Landkreis Main-Spessart		⊙	617,09
Maintalhänge zwischen Gambach und Veitshöchheim		6124-372 WDPA: 555521367	Landkreis Würzburg, Landkreis Main-Spessart		⊙	866,15
Maintrockenhänge am Kallmuth		6123-302 WDPA: 555521363	Landkreis Main-Spessart		⊙	18,00
Mäusberg, Rammersberg, Ständelberg und Umgebung		6024-371 WDPA: 555521304	Landkreis Main-Spessart		⊙	297,09
Mausohrwochenstuben im Spessart	BW	6023-302 WDPA: 555521302	Landkreis Miltenberg, Landkreis Main-Spessart		⊙	0,00
Naturdenkmal Unterer Klingelbachgraben	BW	6123-372 WDPA: 555521365	Landkreis Main-Spessart		⊙	3,13
Naturschutzgebiet 'Graureiherkolonie am Salzberg'	BW	5923-301 WDPA: 555521230	Landkreis Main-Spessart		⊙	158,00
Naturschutzgebiet 'Romberg'		6023-301 WDPA: 555521301	Landkreis Main-Spessart		⊙	56,00
Sinngrund		5823-301 WDPA: 555521157	Landkreis Bad Kissingen, Landkreis Main-Spessart		⊙	409,00
Trockengebiete an den Werntalhängen zwischen Karsbach und Stetten		5924-371 WDPA: 555521232	Landkreis Main-Spessart		⊙	748,43
Winterquartiere der Mopsfledermaus im Spessart	BW	5923-302 WDPA: 555521231	Landkreis Main-Spessart		⊙	7,00
Winterquartiere der Mopsfledermaus bei Karlstadt	BW	6024-301 WDPA: 555521303	Landkreis Main-Spessart		⊙	0
Zellinger Gemeindewald	BW	6124-373 WDPA: 555521368	Landkreis Würzburg, Landkreis Main-Spessart		⊙	842,13
Drei Seen im oberen Breitenbachtal bei Breitenbuch	BW	6320-371 WDPA: 555521455	Landkreis Miltenberg		⊙	39,59
Maintal und -hänge zwischen Sulzbach und Kleinwallstadt		6121-371 WDPA: 555521361	Landkreis Miltenberg		⊙	301,45
Naturschutzgebiet ‚Aubachtal bei Wildensee‘	BW	6121-372 WDPA: 555521362	Landkreis Miltenberg		⊙	66,54
Steinbruchgelände bei Umpfenbach	BW	6322-371 WDPA: 555521458	Landkreis Miltenberg		⊙	46,65
Täler der Odenwald-Bäche um Amorbach	BW	6321-371 WDPA: 555521456	Landkreis Miltenberg		⊙	547,71
Steinbrüche nördlich Kirchheim	BW	6325-371 WDPA: 555521460	Landkreis Miltenberg, Landkreis Würzburg		⊙	82,81
Altenburg		5629-303 WDPA: 555521018	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	304,00
Bachsystem der Streu mit Nebengewässern		5527-371 WDPA: 555520900	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	1.275,52
Bahratal	BW	5528-371 WDPA: 555520903	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	65,62
Bayerische Hohe Rhön		5526-371 WDPA: 555537678	Landkreis Bad Kissingen, Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	19.260,59
Fränkische Saale zwischen Heustreu und Steinach		5627-371 WDPA: 555521013	Landkreis Rhön-Grabfeld, Landkreis Bad Kissingen		⊙	296,45
Laubwälder bei Bad Königshofen		5628-301 WDPA: 555521014	Landkreis Rhön-Grabfeld, Landkreis Bad Kissingen		⊙	1.874,00
Mausohrkolonien in der Rhön und im Grabfeld		5627-303 WDPA: 555521011	Landkreis Rhön-Grabfeld, Landkreis Bad Kissingen		⊙	0,00
Milztal und oberes Saaletal		5628-371 WDPA: 555521015	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	757,51
Reutsee		5729-301 WDPA: 555521083	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	12,00
Schmalwasser- und Premichtal	BW	5626-372 WDPA: 555521009	Landkreis Rhön-Grabfeld, Landkreis Bad Kissingen		⊙	343,12
Tal der Brend	BW	5626-371 WDPA: 555521008	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	424,23
Teiche bei Schönau an der Brend	BW	5626-301 WDPA: 555521007	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	3,00
Trockengebiete vor der Rhön		5527-372 WDPA: 555520901	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	789,74
Trockenhänge im Saale-, Streu- und Löhriether Tal		5627-301 WDPA: 555521010	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	149,00
Trockenverbundgebiet Rhön - Grabfeld		5527-373 WDPA: 555520902	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	616,49
Winterquartiere der Mopsfledermaus bei Neustadt		5627-304 WDPA: 555521012	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	0,00
Winterquartiere der Mopsfledermaus in der Rhön		5527-301 WDPA: 555520899	Landkreis Rhön-Grabfeld		⊙	0,00
Buchenwälder und Wiesentäler des Nordsteigerwalds		6029-371 WDPA: 555521310	Landkreis Schweinfurt, Landkreis Haßberge, Landkreis Bamberg		⊙	15.876,84
Dürrfelder und Sulzheimer Wald		6028-371 WDPA: 555521309	Landkreis Schweinfurt		⊙	784,81
Forst Dianenslust und Stadtwald Schweinfurt		5927-372 WDPA: 555521234	Landkreis Schweinfurt, Schweinfurt		⊙	1.331,12
Maintal bei Sennfeld und Weyer		5927-371 WDPA: 555521233	Landkreis Schweinfurt, Schweinfurt		⊙	325,55
Naturschutzgebiet 'Hörnauer Wald'		6027-372 WDPA: 555521307	Landkreis Schweinfurt	Frankenwinheim, Sulzheim, Gerolzhofen	⊙	180,52
Unkenbachaue mit Sulzheimer Gipshügel und Grettstädter Wiesen		6027-371 WDPA: 555521306	Landkreis Schweinfurt		⊙	275,48
Laubwälder um Würzburg		6225-371 WDPA: 555521411	Landkreis Würzburg		⊙	1.033,43
Mausohrwochenstuben im Maindreieck	BW	6125-301 WDPA: 555521369	Landkreis Würzburg, Landkreis Schweinfurt		⊙	0,00
Naturschutzgebiet 'Trockenhänge bei Böttigheim'		6223-301 WDPA: 555521408	Landkreis Würzburg		⊙	47,00
Prosselsheimer Holz	BW	6126-301 WDPA: 555521370	Landkreis Würzburg, Landkreis Kitzingen		⊙	223,00
Stöckach, Lindach und Herrenwald	BW	6425-371 WDPA: 555521535	Landkreis Würzburg		⊙	1.184,36
Tauber- und Gollachtal bei Bieberehren	BW	6425-372 WDPA: 555521536	Landkreis Würzburg		⊙	639,79
Trockenstandorte um Leinach	BW	6124-371 WDPA: 555521366	Landkreis Würzburg		⊙	243,48
Trockentalhänge im südlichen Maindreieck	BW	6326-371 WDPA: 555521461	Landkreis Würzburg, Landkreis Kitzingen, Würzburg		⊙	511,77
Fledermausquartiere in der Festung Marienberg	BW	6225-303 WDPA: 555521410	Würzburg		⊙	6,00
Irtenberger und Guttenberger Wald	BW	6225-372 WDPA: 555521412	Landkreis Würzburg, Würzburg		⊙	3.994,01
Legende für Fauna-Flora-Habitat

• Liste der Naturschutzgebiete in Unterfranken
• Liste der Landschaftsschutzgebiete in Unterfranken
• Liste der EU-Vogelschutzgebiete in Unterfranken
• Liste der Geotope in Unterfranken

Commons: FFH-Gebiete in Unterfranken – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

• Steckbriefe der Natura 2000 Gebiete