Wilhelm Werner ist der Name folgender Personen:

• Wilhelm Werner (Geodät) (1850–1915), deutscher Geodät und Hochschullehrer
• Wilhelm Werner (Rennfahrer, 1874) (1874–1947), deutscher Automobilrennfahrer
• Wilhelm Werner (Kunstsammler) (1886–1975), deutscher Tischler und Kunstsammler
• Wilhelm Werner (SS-Mitglied) (1888–1945), deutscher Marineoffizier, Politiker (NSDAP) und SS-Führer
• Wilhelm Werner (Politiker, I), österreichischer Politiker (LBd), Kärntner Landtagsabgeordneter
• Wilhelm Werner (Aktion-T4-Opfer) (1898–1940), deutscher Psychiatriepatient, Zeichner und Aktion-T4-Opfer
• Wilhelm Werner (Politiker, 1912) (1912–nach 1967), deutscher Politiker (NDPD), MdV
• Wilhelm Werner (Rennfahrer, II), österreichischer Motorradrennfahrer