Durch einen unbekannten Effekt verliert die Voyager plötzlich jede Energie und es kommt zu einem Totalausfall aller Systeme. Tuvok und Kim gelingt es, einen modifizierten Photonentorpedo als eine Art Leuchtfackel abzuschießen, wodurch fremde Raumschiffe in der Nähe sichtbar werden. Gleichzeitig werden Paris und Seven im Holodeck von einem Eindringling angegriffen. Es gelingt den beiden, sich zu verteidigen und den schwer verletzten Eindringling auf die Krankenstation zu bringen, wo der Doktor schwerste Schädigungen durch Thoriumstrahlung diagnostiziert. Es kommt zum Kampf zwischen der Voyager und den fremden Schiffen, wobei die Voyager zu unterliegen droht. In dieser Situation taucht ein Schiff der Malon auf und vertreibt die Fremden. Der Captain des Malon-Schiffes bietet der Voyager-Crew an, sie zu einem Raumwirbel zu führen, welcher der Voyager die weitere Reise durch den leeren Raum ersparen würde. Im Gegenzug verlangt er die Auslieferung des fremden Wesens auf der Krankenstation.

Die Voyager-Besatzung findet mit Hilfe des fremden Wesens heraus, dass der Malon-Captain hochgiftige, strahlende Abfälle im leeren Raum verklappt und dadurch die fremden Wesen schädigt. Daraufhin bietet die Crew dem Malon-Captain konkrete technische Unterstützung und Geräte an, um in Zukunft die gefährlichen Abfälle behandeln und weiterverwenden zu können. Der Captain lehnt dies ab, da hierdurch sein hochprofitables Geschäftsmodell gefährdet würde. Die Voyager-Crew entscheidet sich dafür, den Raumwirbel zu nutzen und dann mit Photonentorpedos dauerhaft zu verschließen, um die weitere Verbringung von Abfällen zu unterbinden. Mit Hilfe der fremden Wesen gelingt dieses Vorhaben schließlich.

Zwischenzeitlich ist ein weiteres Schiff der Malon aufgetaucht und Seven findet heraus, dass die Malon ebenfalls an einem neuartigen Shuttle arbeiten, um ihrerseits die Sonde zu bergen. Es entsteht ein Wettlauf zwischen den beiden Crews um die Fertigstellung ihrer jeweiligen Shuttles, da Captain Janeway die neuartige Technologie der Sonde auf keinen Fall den Malon überlassen will. Torres testet in einer Simulation auf dem Holodeck das neue Shuttle in einer gefährlichen Flugsituation, wobei sie absichtlich die Sicherheitsmechanismen des Holodecks abschaltet. Dabei wird sie verletzt. Auf der Krankenstation diagnostiziert der Doctor viele ältere, zum Teil schwere Verletzungen, welche aber nur unzureichend behandelt wurden. Von Captain Janeway zur Rede gestellt verschließt sich Torres jedoch weiterhin, weshalb sie vom Dienst suspendiert wird. Chakotay findet heraus, dass Torres mehrere gefährliche Holodeckszenarien ohne Sicherheitsmechanismen erschaffen hat. Er konfrontiert sie auf dem Holodeck mit einem Szenario, das viele tote Kameraden des Maquis zeigt, und stellt sie zur Rede. Torres berichtet schließlich davon, wie die Nachricht der endgültigen Vernichtung des Maquis, der Verlust vieler ehemaliger Kameraden und ihre eigene Hilflosigkeit weitab im Delta-Quadranten sie habe verzweifeln lassen. Um überhaupt noch irgendetwas zu spüren, habe sie sich immer gefährlicheren Situationen ausgesetzt. Inzwischen konnten die Malon ihr Shuttle starten und die Voyager-Crew ist gezwungen, das Risiko einzugehen, mit ihrem noch nicht vollständig fertiggestellten Shuttle zu starten. Torres bittet Chakotay sie mitfliegen zu lassen, was dieser ihr schließlich erlaubt. Zwar gelingt es der Shuttlecrew, die Malon zum Aufgeben zu zwingen und die Sonde zu bergen, dabei wird das Shuttle jedoch schwer beschädigt. Durch Improvisation gelingt es Torres aber, die Schäden einzudämmen und eine Rückkehr zu ermöglichen.