Thomas Auer ist der Name folgender Personen:

• Thomas Auer (Politiker) (1865–1942), österreichischer Politiker (CSP), Salzburger Landtagsabgeordneter
• Thomas Auer (Ingenieur) (* 1965), deutscher Ingenieur, Gebäudephysiker und Hochschullehrer
• Thomas Auer (Eishockeyspieler) (* 1982), österreichischer Eishockeyspieler