Als Isoschizomere werden in der Molekularbiologie Paare oder Gruppen von Restriktionsenzymen bezeichnet, welche spezifisch die gleiche Nukleotidsequenz erkennen und diese in gleicher Weise spalten. Sie erzeugen identische Fragmente bei einem Restriktionsverdau, da die Restriktionsstellen identisch sind.

5'-GCATGC-3'
3'-CGTACG-5'

5'-GCATG     C-3'
3'-C     GTACG-5'

Weitere Beispiele für Isoschizomerenpaare sind AvaII und SinI, CfoI und HhaI, HpaII und MspI. Abgesehen von der Gleichheit der Restriktionssequenz bestehen zwischen Isoschizomeren oft keine größeren Ähnlichkeiten. Diese Enzyme werden aus verschiedenen Bakterienstämmen isoliert und stellen oft unterschiedliche Ansprüche an einen optimalen Restriktionsverdau.

• Neoschizomer

• Friedrich Lottspeich, Haralabos Zorbas: Bioanalytik. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 1998, ISBN 978-3-8274-0041-3.
• Cornel Mülhardt: Der Experimentator: Molekularbiologie/Genomics. Sechste Auflage. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2008, ISBN 3-8274-2036-9.
• J. Sambrook, T. Maniatis, D. W. Russel: Molecular cloning: a laboratory manual. 3rd edition (2001), Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-577-3.