Die Faxe Kondi Ligaen 1999/2000 war die zehnte Spielzeit der höchsten Spielklasse im dänischen Fußball, welche vom dänischen Fußballverband DBU ausgetragen wurde. Die Saison begann am 24. Juli 1999 mit der Partie Brøndby IF gegen Lyngby BK und endete am 28. Mai 2000. Titelverteidiger war Aalborg BK.
Die zwölf Mannschaften traten in je drei Runden gegeneinander an, sodass 33 Spieltage zu absolvieren waren. Die Teams, die nach 22 Spielen die ersten sechs Plätze belegten hatten insgesamt 17 Heimspiele, die Teams auf den unteren sechs Plätzen insgesamt 16 Heimspiele. Die beiden Letzten stiegen direkt ab.