Militärgefängnisse sind durch das Militär geführte Gefängnisse, in denen in der Regel Verurteilte der Militärjustiz ihre Strafe verbüßen.

Während der Monarchie in Deutschland, des Dritten Reiches und der DDR gab es diese auch auf deutschem Boden, in der Bundeswehr wird die maximal von Truppendienstgerichten verhängte Freiheitsstrafe von 21 Tagen in der Regel in der Arrestzelle an der Wache "abgesessen".

In der Schweiz gibt es keine eigentlichen Militärgefängnisse.

Die militärstrafrechtlichen Freiheitsstrafen (welche nur von den Organen der Militärjustiz verhängt werden können) werden in den zivilen Strafanstalten vollzogen.

(Disziplinarrechtliche) "Arreststrafen" werden während des Dienstes von der Truppe in einem Arrestlokal selbst vollstreckt; ausserhalb des Dienstes vollzieht der Wohnsitzkanton des Täters dessen Arreststrafe (Art. 191 f. MStG).

Deutschland:

• Wehrmachtgefängnis Berlin-Tegel
• Wehrmachtgefängnisse in Torgau
• Wehrmachtgefängnis Glatz in Schlesien
• Wehrmachtgefängnis Linz in Österreich
• Wehrmachtgefängnis Cherche-Midi in Frankreich
• Wehrmachtgefängnis Frèsnes in Frankreich
• Militärgefängnis Schwedt

USA:

• US-Militärgefängnis Abu-Ghuraib im Irak
• Fort Leavenworth
• Governors Island
• Alliiertes Kriegsverbrechergefängnis Spandau in Berlin

Militärgefängnisse sonstiger Staaten:

• Militärgefängnis Callao in Peru
• Militärgefängnis Santiago Tlatelolco in Mexiko-Stadt, Mexiko

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