Jonathan Ayité (* 21. Juli 1985 in Bordeaux) ist ein togoischer Fußballspieler, der seit Januar 2009 bei Olympique Nîmes unter Vertrag steht. Seine bevorzugte Position ist der Sturm.

Ayité begann seine Karriere beim französischen Viertligisten Stade Bordelais, für den er von 2004 bis 2006 spielte. Nachdem er eine Saison für die zweite Mannschaft von Girondins Bordeaux gespielt hatte, wechselte er im Sommer 2007 zu Stade Brest, die in der Ligue 2 spielten. Im Januar 2009 wechselte Ayite zum Ligarivalen Olympique Nîmes, wo er einen Vertrag bis 2012 unterschrieb.

Ayité stand im Kader der togoischen Fußballnationalmannschaft für die Fußball-Afrikameisterschaft 2010. Nach einem Attentat auf den Mannschaftsbus wurde die Teilnahme am Turnier jedoch abgesagt.

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